Finita la guerra anche per il calcio comincia l'era della ricostruzione. La gente ha voglia di tornare a vivere e il pubblico torna a gremire gli stadi. Nel campionato 1945-46 la Cremonese viene inserita in un girone misto che comprende formazioni di serie B e C.

C'è un nuovo presidente, Giovanni Zucchi, e la sede viene spostata dal Bar Flora al Bar Cremonese in piazza Roma. In panchina siede Joszef Banas, e per i grigiorossi la stagione è esaltante, arrivano al primo posto nel girone di andata e vittoria dopo vittoria, ottengono la qualificazione per il girone finale: sei squadre, solo la prima sarà promossa in serie A. Le partite fanno segnare incassi record, 8 mila paganti con l'Alessandria, per oltre mezzo milione di incasso. La Cremonese va in difficoltà, paga forse la panchina troppo corta, e termina quinta con 8 punti, a 7 dall'Alessandria che raggiunge la serie A.

Unica consolazione la conquista della serie B, che per il campionato 1946-47 vede la presenza di 20 squadre suddivise in 3 gironi. La Cremonese viene inserita nel girone B con le formazioni di Veneto, Toscana, Emilia Romagna e la Cremonese termina al sesto posto a pari merito con la Spal. La Federazione decide di tornare alla serie B a girone unico e nel 1947-48 è fondamentale piazzarsi tra le prime sei. La Cremonese passa di mano e viene acquistata dal proprietario dell'Ocrim, il commendator Guido Grassi, e ottiene la permanenza nella serie cadetta, piazzandosi sesta. Il '48 è anche l'anno di esordio in grigiorosso di Pasquale "Bibi" Vivolo. Cresciuto nella squadra della parrocchia di San Bernardo, passa alla Victor e poi alla Cremonese, nella quale segna 6 gol il primo anno e 10 quello successivo, facendosi notare dalla Juventus di Boniperti. In bianconero vive 4 stagioni esaltanti, segnando 31 reti e conquistando due scudetti; poi passa alla Lazio (5 stagioni e 33 gol segnati) e chiude la carriera a Brescia, prima di tornare a vivere a Cremona, con la moglie, figlia del presidente grigiorosso di allora.

Il 1948-49 viene ricordato come l'anno in cui venne realizzato il gol più veloce della storia grigiorossa: in occasione di Cremonese - Pro Sesto 6-3, 'Doro' Zanini la butta dentro dopo soli 15 secondi. La squadra allenata da Banas si piazza all'undicesimo posto.

Il decennio si chiude con una stagione non brillante: nel campionato 1949-50 la squadra non va oltre il 13° posto. Deludente la stagione successiva, il 1950-51 fa segnare una nuova retrocessione in serie C: penultimo posto a 28 punti. Nel  1951-52 la società grigiorossa si trova ad affrontare una profonda crisi economica, tanto che i giocatori arrivano ad autotassarsi per poter affrontare alcune trasferte; la Cremonese si piazza decima. Nel 1952-53 la Cremonese è di nuovo alle prese con difficoltà economiche. Grazie alla vendita al Treviso del promettente Farina riesce a far fronte ai debiti, ma è di scena una nuova riforma dei campionati e viene inserita nel Girone B della Quarta Serie. Dal Soncino arriva il difensore Giacomo Losi, che diventerà poi terzino della Roma e della Nazionale. La stagione si chiude con una meritata terza piazza. Il 1953 è anche l'anno del 50° e la società pubblica un libro storico  presenta una maglia tutta nuova, a scacchi grigiorossi.

Il 1953-54 riporterà la Cremonese in serie C. I grigiorossi arrivano primi del girone e nella fase finale battono  il Bolzano. Il ritorno in serie C, per il campionato 1954-55, è però condito da una serie di problemi economici e si teme che la Cremonese non riesca nemmeno ad iscriversi al campionato. Per fare la squadra si deve lavorare in economia, ma i risultati si vedono: i grigiorossi terminano quarti in classifica. Tra le curiosità, l'esordio in prima squadra di Franco 'Balino' Zaglio che diventerà uno dei pilastri della grande Inter di Helenio Herrera e della Nazionale.

Nel 1955-56 arriva in panchina l'ungherese Boldizar Geta  a  sostituire Ercole Bodini che passa al Piacenza. La Cremonese  arriva quarta con 39 punti, nonostante un attacco atomico (53 reti segnate e Magnavacca, arrivato dal Milan, vicecapocannoniere di C con 21 reti).

Quello successivo, 1956-57 è un altro campionato senza grosse emozioni, la Cremonese finisce quinta a 37 punti, dopo essere stata seconda per diverse giornate. Il campionato 1957-58 è una stagione di alti e bassi, dove la squadra non brilla particolarmente e termina soltanto dodicesima. Nel 1958-59 Cremonese protagonista in negativo. La squadra termina il girone d'andata ultima in classifica e nel ritorno non riesce a far meglio, finendo penultima. Fortunatamente un nuovo riassetto della serie C evita che vi siano retrocessioni e, l'anno successivo, la Cremonese può nuovamente affrontare un campionato di C.

Quello del 1959-60 è un campionato caratterizzato dalla lotta per non retrocedere, sarà la vittoria sul Vigevano a condannare la squadra pavese alla retrocessione e mantenere ancora una volta in serie C la Cremonese, con due punti di vantaggio sull'antagonista.  Ancora un campionato deludente nel 1960-61, dopo un inizio che faceva ben sperare, Cremonese terza alla fine del girone di andata, la stagione si conclude al quart'ultimo posto.

Nel 1961-62 arriva un nuovo allenatore in panchina, Enzo Bellini, e un nuovo bomber, Pasquina dal Trento, che metterà a segno 14 gol. A fine stagione i punti sono 31 per un "tranquillo" decimo posto in classifica. Nel 1962-63 la Cremonese si salva in extremis , dopo un esordio col botto, complice anche l'impraticabilità dello Zini per neve per circa un mese e mezzo, che costringe i grigiorossi a giocare lontano dalle mura amiche. Al ritorno in via Persico la squadra si rimette in pista e riesce ad ottenere l'agognata salvezza.
Nel 1963-64 cambia il vento grazie all'esordio di un giovane talento che tanto nel corso della sua vita farà per i colori grigiorossi, Erminio Favalli, che verrà subito notato da Helenio Herrera e portato in neroazzurro. La squadra chiude sesta.

E' una Cremonese in difficoltà economiche, quella che si appresta ad affrontare la stagione 1964-65, tanto che il Presidente Maffezzoni rassegna le dimissioni per cercare di attirare l'attenzione della città; il gesto ottiene il risultato sperato, ma la squadra viene comunque allestita in economia e la salvezza arriva  tra mille peripezie, dodicesimo posto a 30 punti. Il 1965 è anche l'anno in cui scompare tragicamente Armanno Favalli, fratello di Erminio, grande promessa del calcio in forza al Foggia, dopo gli anni trascorsi in grigiorosso e al Brescia.

Il Campionato 1965-66 la Cremonese chiude quattordicesima, dopo un anno a dir poco mediocre, la salvezza viene conquistata alla penultima giornata e sulla panchina grigiorossa Giovanni Persico rileva Teodoro "Doro" Zanini. L'anno successivo (1966-67) la società allestisce una squadra per un campionato di vertice, ma le cose non vanno come sperato e la Cremonese finisce ultima e retrocede in serie D. Da segnalare in quella stagione due esordi importanti per i colori grigiorossi: Emiliano Mondonico e Luciano Cesini. L'anno si conclude con il commissariamento della società, e proprio uno dei due commissari, un certo Domenico Luzzara, segnerà l'inizio di una nuova era.